樂診的微生物菌株如何進(jìn)行基因組注釋分析？

南京樂診生物技術(shù)有限公司2026-01-13

樂診微生物菌株基因組注釋分析采用多層次的生物信息學(xué)流程。原始數(shù)據(jù)處理使用FastQC評(píng)估測序數(shù)據(jù)質(zhì)量，Trimmomatic去除低質(zhì)量序列?；蚪M組裝采用SPAdes或Unicycler進(jìn)行從頭組裝，評(píng)估contig N50、基因組覆蓋度等質(zhì)量指標(biāo)?；蝾A(yù)測使用Prokka或RAST流程，識(shí)別編碼序列、RNA基因和調(diào)控區(qū)域。功能注釋通過BLAST比對(duì)NCBI非冗余數(shù)據(jù)庫、UniProt、KEGG、COG等數(shù)據(jù)庫，獲得基因功能信息。代謝途徑分析使用KEGG Mapper重構(gòu)完整的代謝網(wǎng)絡(luò)。毒力因子分析通過VFDB數(shù)據(jù)庫注釋潛在的毒力相關(guān)基因?？剐曰蚴褂肅ARD數(shù)據(jù)庫進(jìn)行鑒定。比較基因組學(xué)分析通過Mauve進(jìn)行基因組比對(duì)，識(shí)別菌株特異性區(qū)域。泛基因組分析使用Roary計(jì)算基因組和可變基因組。系統(tǒng)發(fā)育分析基于基因構(gòu)建進(jìn)化樹。數(shù)據(jù)可視化使用Circos繪制基因組圖譜，展示基因分布和特征。質(zhì)量保證所有分析步驟都進(jìn)行手動(dòng)核查，確保注釋準(zhǔn)確性。數(shù)據(jù)庫整合將注釋結(jié)果導(dǎo)入內(nèi)部數(shù)據(jù)庫，支持后續(xù)查詢和分析。定期更新隨著數(shù)據(jù)庫發(fā)展和算法改進(jìn)，定期重新注釋。

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